La coopération en matière de défense entre la France et l’Estonie est très fructueuse. En plus des contrats cadres généraux et d’une collaboration étroite au sein de l’OTAN et de la politique de sécurité et de défense de l’Union européenne, l’Estonie et la France ont signé en 2011 un contrat intergouvernemental de coopération dans le domaine de la défense.
Ces dernières années, la coopération bilatérale franco-estonienne s’est intensifiée dans le domaine de la défense et de la sécurité, de même qu’en matière de cyberdéfense. L’Estonie et la France se consultent régulièrement sur diverses questions de sécurité.
Lors du sommet de l’OTAN à Varsovie en 2016, la France a annoncé sa participation à la présence renforcée des alliés sur le flanc Est de l’OTAN, dans le cadre de l’eFP (NATO enhanced Forward Presence). La France a participé à l’eFP en Estonie en 2017 et en 2019 en collaboration avec le Royaume-Uni. Au printemps 2021 la France est revenue en Estonie avec ses troupes, qui y resteront pendant un an.
La France est l’un des principaux contributeurs de la mission de sécurité aérienne des pays baltes menée par l’OTAN. La France a participé à la sécurité aérienne des pays baltes depuis 2007 ; en 2018, pour la première fois, elle a assuré ce soutien depuis la base aérienne d’Ämari, en Estonie. L’armée de l’air française est revenue à Ämari en 2020.
La France a participé à de nombreux projets d’aide aux pays baltes dans le domaine de la défense, comme BALTRON et BALTSEA, et a soutenu l’enseignement du français aux Forces de défense estoniennes. Les Forces de défense estoniennes se sont également équipées auprès de la France d’armement et d’équipement militaires. De plus, la participation de la France au projet mené par l’Estonie développant un système terrestre sans pilote modulaire intégré (integrated Modular Unmanned Ground System, iMUGS) dans le cadre du programme européen de développement industriel dans le domaine de la défense (European Defence Industrial Development Programme, EDIDP) est très importante.
L’Estonie et la France ont coopéré et continuent de coopérer de façon très étroite dans le cadre de missions et d’opérations militaires. En 2011-2013, un détachement estonien de protection de vaisseau a participé à des rotations spéciales sur un vaisseau français dans le cadre de la mission de l’UE ATALANTA. La coopération dans le cadre de missions européennes s’est encore accrue en 2014, lorsque l’Estonie a contribué, avec un contingent de 50 hommes, aux effectifs de l’EUFOR RCA à Bangui, en République centrafricaine. En 2015, après les attaques terroristes à Paris et en application de l’article 42.7 du traité de Lisbonne de l’UE, l’Estonie a renforcé, à la demande de la France, sa participation à la mission EUTM au Mali.
La coopération correspondant à des missions en cours se déroule principalement au Mali, où en août 2018, l’Estonie a été le premier pays à se joindre à l’opération Barkhane, menée par la France. Le contingent estonien de 49 militaires réalise principalement des missions de protection des forces. Depuis l’été 2020, l’Estonie fait partie, dans le cadre de l’opération Barkhane, de la Task Force Takuba – des forces opérationnelles ayant la mission de conseiller, d’assister et d’accompagner au combat des unités conventionnelles de l’armée malienne dans la lutte contre les groupes armés terroristes. De plus, la France et l’Estonie participent au Mali à la mission de maintien de la paix (MINUSMA) et à la mission européenne de formation (EUTM).
Un autre signe de ces bonnes relations bilatérales est le fait que l’Estonie ait été le seul pays d’Europe centrale et orientale invité à participer à l’Initiative européenne d’Intervention (IEI), visant à créer les conditions préalables à la conduite d’engagements opérationnels. L’Estonie et la France participent ensemble dans plusieurs groupes de travail de l’IEI.
La coopération est également étroite dans le domaine de la cyberdéfense. En témoigne avant tout l’accord de coopération technique signé en 2016, sur la base duquel l’échange d’informations sur les thèmes de la cyberdéfense a été intensifié. En dehors de l’Estonie, la France n’a signé un tel accord qu’avec les États-Unis et avec la Grande-Bretagne. Pour amplifier la coopération entre les instituts de recherche et les petites entreprises, un contrat-cadre de coopération mutuelle a été conclu en 2018 entre l’Union des industries estoniennes de défense et le Pôle d’excellence cyber situé en Bretagne.