La France a reconnu l’indépendance de la République d’Estonie le 26 janvier 1921. La pierre angulaire des relations franco-estoniennes est la reconnaissance de la continuité juridique de la République d’Estonie par la France, qui n’a jamais reconnu l’annexion de l’Estonie par l’Union soviétique. Les relations diplomatiques entre l’Estonie et la France ont été rétablies le 30 août 1991.
Le premier ambassadeur (tout d’abord représentant) d’Estonie en France a été, en 1918 et de 1921 à 1932, Karl Robert Pusta.
Ambassadeurs d’Estonie en France depuis le rétablissement de l’indépendance :
Le 2 novembre 2021, l’ambassadeur d’Estonie Lembit Uibo a remis ses lettres de créance au président de la République française Emmanuel Macron.
Ambassadeurs de France en Estonie :
Depuis août 2023, l’ambassadeur de France en Estonie est Emmanuel Mignot.
Le 13 février 2007, le ministre estonien des Affaires étrangères Urmas Paet a inauguré, en présence de la ministre française des Affaires européennes Catherine Colonna, la nouvelle ambassade d’Estonie à Paris, au 17, rue de la Baume, Paris 75008.
L’Estonie a actuellement quatre consuls honoraires en France: M. Hugues Pouzet à Lyon, Mme Hélène Berdoy-Mayer à Toulouse, M. Dominique Anglès à Marseille et M. Jacques De Galzain à Bordeaux.